Pamiatkový výskum v minulom storočí doložil jej vnútorné členenie do dvoch podlaží, no detaily usporiadania sú dodnes predmetom odbornej diskusie. Spodné podlažie so vstupom z nádvoria malo charakter sálového trojlodia zaklenutého krížovými klenbami, pričom konštrukčné riešenie mohlo byť odvodené od známej kaplnky Sainte-Chapelle v Paríži.
Horné podlažie bolo prístupné hlavným portálom z pavlače a dvojicou bočných portálov z priľahlých kráľovských priestorov prvého poschodia. V popise Mateja Bela z prvej štvrtiny 18. storočia sa uvádza, že oba priestory boli prepojené otvorom v klenbe spodného podlažia.
Počas rekonštrukcie kaplnky v rokoch 1990 – 1994 bol obnovený jej barokovo-klasicistický vzhľad a obohatený o prezentáciu najhodnotnejších detailov gotického obdobia.
